1978年10月成立民族宗教研究室，1996年6月改为青海省社会科学院民族宗教研究所。属青海省社会科学院具有地方特色的优长学科研究机构之一。先后有22名研究人员在所内工作。历任所长：刘醒华、蒲文成、穆兴天、马连龙；历任副所长：蒲文成、拉毛扎西、穆兴天、吕建福、拉毛措、马连龙；现任副所长鄂崇荣。现有研究人员6名，由藏、回、土、撒拉、蒙古族五个民族组成，其中副研究员3人、助理研究员1人、研究实习员1人、助理图书馆员1人。

　　该所以世居青海的藏族、回族、土族、撒拉族、蒙古族5个少数民族为主要研究对象，研究其各种文化现象以及相关的民族宗教理论和民族宗教问题。

　　多年来该所在民族历史、民族文化、民族理论与政策、藏传佛教、秘密佛教、伊斯兰教、民间信仰、宗教与现代社会相适应等领域成果丰硕。共承担中华社科基金课题10项，省社科基金课题10项，委托课题15项。先后进行了我国藏族聚居区社会历史、宗教和藏传佛教教派、我省农牧区民间信仰与两个文明建设、1996年全省宗教大调研、1999年全省民族问题大调研、2003年中国少数民族现状与发展调查、三江源区生态保护与建立生态补偿机制以及回族教育问题等大型调研工作。至2010年共出版专著、译著44部，发表学术论文和调查报告330多篇，资料及其他成果17种，文字总量约960多万字。主要专著有《中国密教史》、《历辈达赖喇嘛与中央政府的关系》、《觉囊派通论》、《甘青藏传佛教寺院》、《塔尔寺概况》、《藏传佛教与藏族社会》、《青海少数民族》、《大日经研究》、《批判精神》、《章嘉国师传》、《藏密溯源》、《藏文化与藏族人》、《文化嬗变与价值选择》、《土族民间信仰解读——地方性信仰与仪式的宗教人类学研究》等；合作编写《藏文古体诗格举例汇编》、《青海藏传佛教寺院明鉴》、《历代达赖喇嘛与班禅额尔德尼年谱》、《青海百科大辞典》、《佛教二百题》、《中国百县市调查·湟中卷》、《青海藏族人口》、《中国民族人口（二）》、《邓小平民族理论与实践》、《藏族生态文化》、《西北少数民族文化专题研究》、《镜鉴－青海民族工作若干重大历史事件回顾》、《中国少数民族现状与发展研究丛书·互助县·土族卷》、《中国少数民族现状与发展研究丛书·玛沁县·藏族卷》、《中国少数民族村寨调查·土族卷·大庄村》等；主要译著有《七世达赖喇嘛传》、《六世班禅洛桑巴丹益希传》、《佑宁寺志》、《如意宝树史》（合作）、《西藏简明通史》《夏琼寺志》等；参加了《中国各民族宗教与神话大辞典》、《青海百科全书》、《青海百科大辞典》、《藏族大辞典》等20余部书籍的撰写工作。共有30多项成果获省部级以上奖励，其中获中宣部“五个一工程”入选作品奖1项，获省部级优秀科研成果一等奖1项、二等奖10项、三等奖10项、优秀奖1项、鼓励奖8项。另有1篇入选中宣部等七部委举办纪念中国共产党成立90周年理论研讨会论文集，1项成果获全国青年优秀社会科学成果优秀奖，有16篇论文获优秀论文奖。

　　在搞好具有青海地方特色和民族特色基础理论研究的基础上注重现实问题研究，为青海经济社会发展和省委省政府决策提供智力支持。从2000年至今，共完成现实应用对策方面的研究成果30余项，有26项成果获得中央统战部和省委省政府领导批示肯定。