1982年成立塔尔寺文献研究室，1983年改称塔尔寺藏族历史文献研究所，与本院民族宗教研究所合署办公，1987年分署改为现称。历任所长：陈庆英、何峰、马林；历任副所长：张田友、何峰。现任所长马林。现有研究人员5名，其中研究员2人、助理研究员3人。

　　该所主要研究藏族历史和现实有关重大问题。主要研究方向：一是藏族历史文献研究，即古藏文文献、藏传佛教典籍的整理、翻译、研究；二是藏族历史研究，主要是藏族断代史、重要历史人物和重大历史事件、藏族与周边民族关系史、以及中央政权与各藏族地方政权关系史等；三是藏族经济社会发展研究：包括运用文献资料和社会历史调查资料研究历史上的藏族社会形态、社会制度等，以及各藏族聚居区经济社会发展中有关政治、经济、文化等的重大现实问题研究等；四是藏族语言文学，即研究藏文语法、修辞、藏语文的规范化以及藏族民间文学和古典文学；五是藏族宗教信仰，即研究藏传佛教、藏族民间信仰及其与藏族社会的关系等。

　　至2010年共出版专著、译著、工具书、古籍整理等45部，发表论文、研究报告312篇，译文等35篇。主要专著有《蒙藏民族关系史略》、《塔尔寺概况》、《元朝帝师八思巴》、《青海藏传佛教寺院碑文集释》、《中国藏族部落》、《藏族部落制度研究》、《果洛藏族族社会》、《〈格萨尔〉与藏族部落》、《历辈班禅年谱》、《藏传佛教与藏族社会》、《佛学基础原理》(藏文)、《历史的神奇与神奇的历史—五世达赖喇嘛传》、《藏族生态文化》《历辈达赖喇嘛形象历史》、《传统与变迁－藏族传统文化的历史演进及其现代化变迁模式》、《角斯部落发展史》（藏文）《村落·信仰·仪式—河湟流域藏族民间信仰文化研究》等；主要译著有《汉藏史集》、《三世、四世达赖喇嘛传》、《五世达赖喇嘛传》、《章嘉若必多杰传》、《东噶佛学大辞典·历史人物类》、《夏琼寺志》、《文艺复兴时期的三大伟人》、《世界风貌》、《话说地球》，主编《藏族历代文学作品选》(藏文)、《当代藏族研究生论文精选》、《热贡宁玛派教派史》（藏文）等。

　　建所至今，共承担国家社科基金课题6项，国家青年社科基金课题4项，青海省社科规划课题5项，委托课题6项。该所“九五”期间的主要研究课题有“青海藏区畜牧业经济研究”、“玉树藏族社会研究”、“果洛藏族婚姻家庭研究”、“青海藏族妇女”、“藏族民间信仰文化与精神文明建设”、“本教研究”等。近10年承担和完成的主要研究项目有国家社科基金课题“藏族生态文化研究”、“青藏铁路沿线藏区人文环境评估”、“历辈达赖与中央政府的关系研究”“元明清时期藏传佛教与国家政治及各级政权的政教关系的历史与特点研究”等，国务院侨务办公室委托课题“华人、华侨藏胞现状与侨务工作的关系”、“青海省涉藏侨情研究报告”，香港科技大学委托课题“青海省异地扶贫研究”等。共有25项成果获省部级以上奖励，其中何峰、余中水撰写的《中国藏族宗教信仰与人权》、蒲文成、何峰、穆兴天撰写的《十世班禅大师的爱国思想》获中宣部科“五个一工程”入选作品奖，陈庆英主编的《中国藏族部落》获青海省哲学社会科学优秀成果一等奖。另获省部级优秀科研成果荣誉奖1项、二等奖5项、三等奖12项、鼓励奖5项。

　　该所研究人员曾参加“91北京国际藏学研讨会”、“第四届《格萨尔》国际学术讨论会”、“海峡两岸中国江河之源与中华民族发展学术讨论会”、“97北京国际藏学研讨会”、“首届邓小平理论研讨会”、“首届康藏文化国际学术研讨会”、“21世纪安多藏族文化发展学术研讨会”、“全国首届藏学研究与对外宣传西藏”等大型学术会议。前任所长陈庆英还曾赴日本等国进行学术交流。现任所长马林于2008年6月参加国务院新闻办公室组织的“中国藏学家代表团”出访德国、比利时和欧盟。