中国第二历史档案馆是集中典藏中华民国时期（1912—1949）历届中央政府及直属机构档案的中央级国家档案馆，馆藏总量为225万余卷，约 4500万件。馆址在南京市中山东路309号，原为“中国国民党中央党史史料陈列馆”旧址，由我国著名建筑大师杨廷宝设计，于1936年建成。档案库房、阅览大厅和业务大楼等建筑均为1950年代后仿照宫廷建筑风格相继建成。

　　为集中管理国民政府遗留在南京的档案，1951年2月1日中国科学院近代史研究所南京史料整理处成立，其后又从成都、重庆、昆明、广州和上海等地接收了大量国民政府中央机构的档案，奠定了馆藏档案的基础。1964年4月，南京史料整理处改隶国家档案局，更名为中国第二历史档案馆，由郭沫若先生题写了馆名。

　　中国第二历史档案馆设有保管处、利用处、整理编目处、史料编辑处、研究室（民国档案杂志社）、技术处、信息化处和全国民国档案资料目录中心等业务机构，专门从事民国档案的收集、保管、保护、整理、编目、接待利用和编研出版等工作，结合缩微复制、数字化扫描等手段，对馆藏档案进行研究、开发与利用。

　　编辑出版了包括中华民国史档案资料汇编、丛刊、丛书在内共140余种上亿字的档案史料，其中与藏事有关的有《西藏地方是中国不可分割的一部分》（西藏人民出版社1986年版）、《十三世达赖圆寂致祭和十四世达赖转世坐床档案汇编》（中国藏学出版社1991年版）、《九世班禅致祭和十世班禅坐床档案选编》（中国藏学出版社1991年版）、《九世班禅内地活动及返藏受阻档案选编》（中国藏学出版社1992年版）、《黄慕松、吴忠信、赵守钰、戴传贤奉使办理藏事报告书》（中国藏学出版社1993年版）、《元以来西藏地方与中央政府关系档案汇编》（中国藏学出版社1994年版）、《民国治藏行政法规》（五洲传播出版社1999年版）、《康藏纠纷档案选编》（中国藏学出版社2000年版）《中国第二历史档案馆所存西藏和藏事档案目录(上下册)》（中国藏学出版社2000年）等，目前正与中国藏学研究中心合作编辑《中国第二历史档案馆馆藏西藏及藏事档案汇编》（已经由中国藏学出版社出版50册）。

　　创办了《民国档案》杂志。接待了包括港、澳、台在内的全国各地和美、日、英、法、德等国家的中外查档者60万人次以上。

　　经过几代档案工作者的努力，民国档案在存史资政、服务社会等方面发挥出了愈加显著的作用。

　　中国第二历史档案馆馆藏档案卷帙浩繁，共收藏有1354个全宗（保管单位），基本馆藏225万余卷（宗）。此外，还收藏有民国时期图书期刊资料约7万册。

　　（一）南京临时政府和南方革命政权档案

　　辛亥革命推翻帝制，建立民国。1912年1月1日，孙中山在南京建立中华民国临时政府。南京临时政府仅存92天，所形成的档案数量较少，其后又历经辗转，颇有散失。现在馆藏仅有百余卷，但内容极为珍贵，其中有不少孙中山亲笔批示和签发的文件，具有极高的历史价值。袁世凯当政后，孙中山又领导了南方革命运动。从1917年孙中山在广州成立护法军政府至1927年宁汉合作，南方革命政权所形成的档案，虽几经辗转，散失甚多，但本馆仍保存近700卷。

　　（二）民国北京政府档案

　　1912年3月，袁世凯在北京建立了民国政府。自袁世凯起，中经黎元洪、段祺瑞、徐世昌、冯国璋、曹锟等，直到1928年6月张作霖退出北京止，民国北京政府当政的16年间形成了为数甚多的档案。民国北京政府瓦解后，南京国民政府接收了相关档案，并在北京专设机构保管，其后又陆续将这部分档案南迁。由于连年战乱，这部分档案遭受人为和自然的损坏十分严重。但经本馆多年悉心收集和整理，目前已达66个全宗。

　　（三）南京国民政府档案

　　南京国民政府从1927年成立，统治中国长达22年。在此期间形成的档案，不仅数量众多，而且内容丰富，除部分被国民政府移往台湾，以及遭受损毁和流失外，大部分均为本馆收藏。这部分档案共计710个全宗。包括国民政府（总统府）、五院、各部及其所属军事、经济、财政、金融、资源、工矿、贸易、教育、科研等机构以及党派社团的档案，是为馆藏档案的主体。

　　（四）日伪政权档案

　　1931年“九一八”事变后，日本大举侵华，并在沦陷区先后成立了若干个伪政权，这些日伪政权形成的档案，主要是汪精卫政权形成的档案，共计102个全宗，较为完整地反映了日伪对沦陷区的残酷统治和日本对中国进行大肆掠夺的历史状况。

　　（五）特藏档案

　　本馆自1980年代末开始对珍贵历史档案进行特藏保护，设置了500平方米的特藏档案库，典藏着从馆藏档案中精选出的1万余卷珍贵档案。其主体为民国政要个人档案，如孙中山、蒋介石、宋子文、冯玉祥、蔡元培、张静江、丁文江、顾维钧、郭泰祺等特藏档案共64个全宗。此外还有勋章、印章、股票、钞票、邮票、商标、字画、碑拓、家谱和照片、图片、唱片等不同形式，它们兼有档案与文物双重属性，是弥足珍贵的历史瑰宝。