海外民族文献研究所成立于2005年，主要职责是研究和整理出版流失海外的中国古代少数民族文献和艺术品，为学校的学科建设服务。研究所的发展目标是：努力建设成为我国有较高知名度的民族文献研究中心，并为搜集保存我国流失海外敦煌西域民族古文献学术资源最为完备的数字化资料和文献中心；开展国际学术交流，建立高素质的学术研究队伍，完成一批有影响的学术科研成果。目前，研究所有才让教授、嘎藏陀美教授、敖特根教授、扎西当知教授、张秀清教授等专职研究人员6人。其中，博士生导师3人，硕士生导师4人。才让教授被评为甘肃省高校跨世纪学科带头人、甘肃省跨世纪学术技术带头人“333科技工程”第一、二层次人选、甘肃省领军人才、国家民委领军人才，嘎藏陀美教授被评为“国家民委突出贡献专家”，扎西当知教授入选“教育部新世纪优秀人才计划”。

　　2008年成立中国敦煌吐鲁番学会少数民族文字专业委员会，秘书处设在本所。2011年获批国家民委人文社科研究重点基地——西北民族文献研究基地，2016年“敦煌少数民族文献研究”入选国家民委创新团队计划等。

　　本所自2006年起，与上海古籍出版社、法国国家图书馆和英国国家图书馆合作，整理出版大型文献集成《法藏敦煌藏文文献》（1-22册）《英藏敦煌藏文文献》（1-9册），并与俄国冬宫博物馆合作出版了《俄藏黑水城艺术品》《俄藏希克沁艺术品》等重要研究资料。已完成国家社科基金项目7项，现主持国家社科重大招标项目“藏传佛教大辞典”、教育部哲学社会科学重大课题攻关项目“藏文历史著作总目提要”、国家社科重点项目“敦煌藏文文献数据库”，及国家社科一般项目4项等。